【クリニック経営で必須なの？】これから始まる「インボイス制度」必要性や今後の対応

クリニック経営 2023.06.27

2023年10月１日より消費税法が大幅に改正され、「インボイス制度（適格請求書等保存方式）」が開始されます。そんな中、日々診療をこなしつつ、新たな制度に対応する必要があるクリニックも多いのではないでしょうか。そこで今回は、クリニックにおけるインボイス制度の必要性や、クリニックでの今後の対応について解説します。

インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは

「インボイス制度」とは、消費税の仕入税額控除方式の一つで、取引事業者が発行する適格請求書（インボイス）に記載された税額のみを控除することができる制度です。
適格請求書（インボイス）は、売り手が買い手に対して、正確な適用税率や消費税額等を伝えるため、一定の内容が記載された請求書や領収書、レシート等のことを指します。
適格請求書（インボイス）を発行するには［適格請求書発行事業者］にならなければ発行できません。この［適格請求書発行事業者］になるためには、税務署に登録申請書の提出が必要になります。

また、現在免税事業者であるクリニックがインボイスを発行するには、課税事業者を選択しなければなりません。2023年 10 月 1 日からインボイス発行事業者の登録を受けた場合、同日より課税事業者となり、納税義務が発生します。
免税事業者で、かつ事業者に対して課税売り上げがあるクリニックは決して多くないと思われますが、万が一該当する際には慎重に検討いただき、インボイスを発行するかを判断する必要があります。

インボイス制度の対応が必要なクリニックはどこか

上記を踏まえて、インボイス制度の対応が必要となるクリニックは以下の通りです。

事業者宛に課税売上（健康診断等）の請求書や領収書を出すクリニック等
自費診療の売り上げが年間1,000万円（税抜き）を超えるクリニック（課税事業者）

保険診療は課税対象ではないため、大きな影響はありませんが、健康診断や予防接種、治験などは自費診療扱いとなります。
自費診療扱いとなる健康診断や予防接種などを企業から受託している場合、企業側からインボイスの発行を求められる可能性がありますので、クリニックでインボイスが発行できない場合、自費診療の委託先医療機関として企業から選択されなくなる可能性があります。

また、自費診療の年間売上が税抜きで1,000万円を超えている場合は課税事業者となりますので、インボイス制度への対応が必要です。

その他には、医師会からの委託という形で小児科などでの乳幼児健診・予防接種を受け付けている場合にも、医師会側が仕入税額控除を受けるために、クリニック側にインボイス制度の対応を推奨する可能性があります。

インボイスを求められる具体的なケース

クリニックがインボイスを発行する場合、医療費の領収証とは別に、インボイスに必要な内容が記載された請求書や領収証、レシート等の発行をすることになります。
それは実際どのようなケースでインボイスを求められるのか、具体的に下記のケースが挙げられます。

ケース1：企業から社員の健康診断を予防接種を受託している場合(前述の通り)
ケース2：企業が費用を負担し、社員に業務上必要な検査を受けさせる場合
ケース3：企業から産業医報酬を受け取っている場合　(給与として個人が受取るものは除く)
ケース4：企業からの顧問収入、受託収入、治験収入、テナント収入がある場合
ケース5：病院内の売店などで、企業の従業員が買物した場合
ケース6：地方公共団体や医師会・公益法人より健康診断などを委託される場合

これらに該当する取引をされるクリニックでは、適格請求書発行事業者になるかどうかの検討が必要になりますので、適格請求書発行事業者になるかどうかを検討される際は、以下の事項をご参照ください。

［事前に検討すべきポイント］

インボイスの発行に対する取引先の意向やニーズの確認
インボイスを発行するための手間とコスト（手書きもしくはシステムで対応するかの検討を含む）
インボイス発行をせず、消費税相当額の値引きをした場合の負担について
インボイス発行をせず、取引を失った場合の損失について
免税事業者において、課税選択をした場合の消費税納税の負担について

クリニック経営における影響とは？

クリニックが適格請求書発行事業者になる場合、「適格請求書（インボイス）」を発行するためにシステムを揃える必要、もしくは手書きで発行する必要がありコストや手間が発生します。
また、最低1年に1度、消費税申告書を作成し納税または還付申請が必要となります。
クリニックが望んでいなくても、仕入先からインボイスが発行されないと、消費税納税額が増加してしまうため消費税相当額の値引きを求められたり、最悪の場合、取引を断られてしまう可能性があるでしょう。
適格請求書発行事業者にならない場合は、自費診療の売り上げが年間1,000万円以下(税抜き)であれば、消費税課税事業者になる必要はなく、納税する必要もありません。
ただ、自由診療収入を患者様などに請求する場合、消費税を請求することができませんので、診療収入の値上げと見られる場合があり、トラブルになる可能性があります。
また、インボイスを交付できるのは課税事業者に限られますので、免税事業者のクリニックではインボイスを交付することができず、企業や買い手が仕入税額控除の適用を受けることができません。

一例として、健康診断や予防接種などを企業から受託しているクリニックが、インボイスを発行できない場合、企業は仕入税額控除の適用を受けることができません。インボイスが発行できるクリニックに企業の社員（患者様）が移ってしまい、結果として患者離れが起こる可能性があります。

一般の患者様にはインボイスを発行する必要はありませんが、上記のように、企業から受託した業務を行っていたり、患者様が勤務先に領収書を提出する必要がある場合、インボイスの発行を行えるか否かで影響がでてしまうことがあるでしょう。